Τα αίτια μπορεί να είναι ανατομικά. Αλλαγές της κατασκευής της μύτης οδηγούν σε ελάττωση του αέρα που εισπνέει το άτομο. Χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι το στραβό διάφραγμα ύστερα από ένα κτύπημα στη μύτη. Οι ρινικές θαλάμες φράζουν και εμποδίζουν τον αέρα να εισέλθει στη μύτη. Το ίδιο μπορεί να συμβεί όταν οι ρινικές κόγχες διογκωθούν λόγω του ερεθισμού από αλλεργικές ουσίες (αλλεργική ρινίτιδα) ή άλλους παράγοντες (μη αλλεργική ρινίτιδα).

Υπάρχουν και άλλα αίτια που έχουν σχέση με τον τρόπο που αλληλεπιδρά ο εισπνεόμενος αέρας με το “ύφασμα” του εσωτερικού της μύτης (ρινικός βλεννογόνος). Στις περιπτώσεις αυτές δεν υπάρχει ελάττωση του αέρα αλλά είτε διαταράσσονται τα χαρακτηριστικά ροής του είτε ο βλεννογόνος δεν αντιδρά όπως θα έπρεπε στον εισπνεόμενο αέρα.

Ορισμένα άτομα που έχουν υποβληθεί σε αφαίρεση των ρινικών κογχών συνεχίζουν να νιώθουν μπουκωμένα ενώ έχει αυξηθεί η ροή αέρα μέσα στη μύτη. Το φαινόμενο ονομάζεται σύνδρομο της κενής μύτης και οφείλεται στο γεγονός ότι ο αέρας που εισέρχεται στη μύτη δεν έχει τα κατάλληλα χαρακτηριστικά.

Σε άλλες περιπτώσεις όπως η χρόνια ιγμορίτιδα, ο βλεννογόνος της μύτης φλεγμαίνει και δημιουργεί το αίσθημα της αποφραγμένης μύτης ενώ εισέρχεται κανονική ποσότητα αέρα.